Mastodonですとカスタム絵文字の追加はWeb-UIからできるようになっているのですが、Pleromaはそうなっていないようです。

公式ドキュメントに記載がありますが、

/opt/pleroma/instance/static/emoji/customにpngファイルを置きます。ディレクトリ名は任意で、/opt/pleroma/instance/static/の配下であれば何でもいいようです。

/opt/pleroma/instance/staticにemoji.txtファイルを作成します。ここにshortcodeとpath(/opt/pleroma/instance/static/からみた相対パス)、emojiの画像ファイル名を記載していきます。

__ne, /emoji/custom/__ne.png
__yo, /emoji/custom/__yo.png
__u, /emoji/custom/__u.png

sudo systemctl restart pleroma.serviceを実行してPleromaを再起動します。

Web-UIに慣れてしまうと「なんとも原始的な……」と思ってしまいますが、一度に大量のカスタム絵文字を追加するとなったらこっちのほうが便利かもしれません。ちなみにMastodonですと他のサーバーからコピーしてくることもできますが、Pleromaだとできません。