Pleromaが2系にバージョンアップしたということで、更新しようとしたんですがうまくいかず。うまくいかなかった理由は、stableだとまだ1.1.9なので、branchをv2.0.1に変えてアップデートしたことが原因ぽい。

とりあえず元に戻そうにも戻らないので、DBのダンプとってVPSを初期化、Pleromaを際セットアップしてDBリストアでなんとか復旧できました。

DBのダンプについてはこのサイトに記載がありました。
https://noyuno.github.io/2018-04-21-pleroma

#バックアップ
sudo -u postgres pg_dump pleroma > /home/ubuntu/file.sql
#リストア
sudo -u postgres psql -d pleroma < file.sql

リストアはこの手順の中の「DBのマイグレーション」の前にやればよいです。